\documentclass[10pt]{article}
\usepackage{ucs}
\usepackage{graphicx} 
\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage[intlimits]{amsmath}
\usepackage{color}
\usepackage{amscd}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsthm}
\usepackage[T1]{fontenc}
% \usepackage{listings}

\newcommand{\dd}{\; \mathrm{d} }
\newcommand{\dx}{\dd x}
\newcommand{\e}{\textcolor{red}} %emphasize with color
\newcommand{\eb}{\colorbox{yellow}} %emphasize with box

\newcommand{\sumn}{\sum_{i=1}^n}
\newcommand{\inti}{\int_0^\infty}
\newcommand{\ol}{\overline}
\newcommand{\olx}{\overline{x}}
\newcommand{\olX}{\overline{X}}
\newcommand{\haty}{\hat{y}}

\numberwithin{equation}{section}
%       theorem environments

\theoremstyle{plain} %% This is the default, anyway
\newtheorem{theorem}[equation]{Teorem}
\newtheorem{corollary}[equation]{Corollary}
\newtheorem{lemma}[equation]{Lemma}
\newtheorem{proposition}[equation]{Proposition}

\theoremstyle{definition}
\newtheorem{definition}[equation]{Tanım}

\theoremstyle{remark}
\newtheorem{remark}[equation]{Remark}
\newtheorem{example}[equation]{Example}
\newtheorem{notation}[equation]{Notation}
\newtheorem{terminology}[equation]{Terminology}

\newtheorem{intuition}[equation]{Intuition}
\newtheorem{prooftechnique}[equation]{Proof Technique}
\newtheorem{property}[equation]{Property}
\newtheorem{solutiontechnique}[equation]{Problem Solution Technique}

\DeclareMathSizes{10}{10}{7}{5}   % For size 10 text
\DeclareMathSizes{11}{11}{8}{6}   % For size 11 text
\DeclareMathSizes{12}{12}{9}{7}  % For size 12 text

\begin{document}

\part{Computational Model of Human Energy Metabolism}
\section{Denklemler}
\subsection{01 dP}
\subsubsection{1. sadece oksidasyon varsayımı}
\[\frac{dP}{dt}=\textrm{PI}-\textrm{GNG}_P-\textrm{ProtOx}\]
Oksidasyon dışında proteinlerin harcandığı önemli hiçbir aktivitenin bulunmadığı varsayılmış. \\
Dolayısıyla yeni kas yapımı için harcanan protein dikkate alınmamış. Dolayısıyla egzersiz de dikkate alınmamış.\\
@Araştırma: Vücudun protein ihtiyacı hangi faktörlere bağlı?\\
\subsection{15 Synthesis Protein}
\subsubsection{1. Protein bozunumunun günlük toplamının doğru ölçülebileceği varsayımı}
\[\text{Synth}_P=\frac{dP}{dt}+D_P\]
Protein sentezi miktarını, protein bozunum miktarıyla protein değişim miktarının toplamı olarak hesaplıyoruz.\\
Bu ilişki, nedensellik ilişkisi değil. Çünkü sentezlenen protein miktarının ne olacağı, proteindeki değişim tarafından belirlenmez. Bu bir hesaplama ilişkisi ifade ediyor sadece.\\
Bazal protein bozunumunun günlük miktarı doğru olarak ölçülebilmiş olmalı ki, bu formül doğru çalışsın.\\
@Araştırma: Bazal protein bozunum miktarı günlük olarak doğru hesaplanabilir mi?\\
\subsection{11 Degradation Fat}
\[D_F=\hat{D}_F \left(\frac{F}{F_b} \right)^{2/3} f(\text{CI},F,\text{CI}_b,F_b)\]
\subsubsection{1. orantı varsayımı}
ne kadar çok yağ kütlesi varsa, o kadar çok yağ yakılır.\\
@Araştırma: neden yağ kütlesinin miktarı arttıkça, yakılan yağ artsın? proteinlerin ömürleri olduğundan bozunumları mantıklı, fakat yağ neden daha çok kullanılsın?\\
$D_F \alpha F^{2/3}$\\
2/3 üssünün sebebi\\
lipoliz hızı, adiposit kütlenin yüzey alanıyla orantılı olduğu varsayımı (63)\\
@Araştırma: neden lipoliz hızı, adiposit kütlenin yüzey alanıyla orantılı?\\
\subsubsection{2. Yağ bozunumu $D_F$ doğru ölçülebilmeli varsayımı (34)}
\subsubsection{3. Referans yağ kütlesi $F_b$ sabit varsayımı}
@Araştırma: Bir kişi için $F_b$ hep aynı olmak zorunda mı? Değişemez mi?\\
\subsubsection{4. karbonhidrat alımı, lipoliz hızını azaltması varsayımı}
f fonksiyonu $f(\text{CI},F,\text{CI}_b,F_b)$:\\
karbonhidrat alımı, lipoliz hızını azaltır, çünkü enerji alınan karbonhidrattan sağlanır.\\
f fonksiyonu, karbonhidrat alımına bağlı olarak lipolizdeki hafifletmeyi ifade eder.\\
Fonksiyon nasıl bulunmuş?\\
Tam açlık durumunda, lipoliz hızı $A_L=3.1$ katsayısıyla çarpılır. Bu değer 60 saatlik açlığın sonucunda ortaya çıkan gliserol üretme hızının, günlük ortalama gliserol üretme hızına oranıdır (12, 34).\\
karbonhidrat alımını yarıya indirmek, lipoliz hızını 1.4 kat artırıyor. (69)\\
verili $A_L=3.1$ için CI yarılama durumu, modelde $B_L=0.9$ ile sağlanmış\\
@Soru: Nasıl oluyor? CI yarılandığında neden $B_L=0.9$ oluyor?\\
kıyas (baseline) diyetine göre normalleştirmek için:\\
\[k_L=\ln{\frac{A_L-B_L}{1-B_L}}\]
@Soru: Nasıl $k_L=\ln{\frac{A_L-B_L}{1-B_L}}$ kıyas diyetine göre normalleştiriyor?\\
\subsubsection{5. obezitenin, f üzerindeki etkisi}
obezite, karbonhidrat alımının lipoliz üzerindeki etkisini bozar varsayımı. matematiksel ifadesi:\\
\[\frac{1}{\text{max}(1,(F/F_b)^{2/3})}\]
\subsection{13 Degradation Protein}
\subsubsection{1. orantı varsayımı:}
\[D_P=\hat{D_P} \frac{P}{P_b}\]
Ne kadar çok protein varsa, o kadar çok bozunum (degradation) olur. Bunun altında yatan mantık istatistiksel olarak, proteinlerin ömürlerinin belirli bir ortalama üzerinde oynadığıdır.\\
@Araştırma: Protein ömrü hangi faktörlere bağlıdır? İstatistiksel ortalaması, sabit olarak varsayılabilir mi?\\
\subsection{14 Degradation Glycose}
\[D_G=\hat{D}_G \left(\frac{G}{G_b}\right)\]
\subsubsection{1. orantı varsayımı}
Ne kadar çok glukoz varsa, o kadar çok glukoz tüketimi olur.\\
@Araştırma: Neden glukoz miktarının artması, glukoz tüketimini artırır? Burada da ömür değil söz konusu olan. Eğer oran söz konusu olsa, anlaşılırdı. Mesela glukozun toplam enerji kaynağı olarak oranı yükselir dense, mantıklı. Fakat tüketilen glukoz miktarı artar diyor. Bunun bir sebebi olmalı. Glukoz miktarının çok olması, neden tüketilen glukoz miktarını artırsın?\\
\subsection{16 Glycerol 3-Phosphate}
\[\text{G3P}=\rho_C \text{Synth}_F \left(\frac{M_G}{M_{TG}}\right)\]
G3P, sadece yağ sentezine bağlı.\\
\subsection{17 Glycerol Gluconeogenesis}
\[\text{GNG}_F=\text{FI}\left(\frac{\rho_C M_G}{\rho_F M_{TG}}\right) + D_F \rho_C \left(\frac{M_G}{M_{TG}}\right)\]
@Anlamadım:  $GNG_F$ denkleminin ilk parçası ne anlama geliyor? $\text{FI}\left(\frac{\rho_C M_G}{\rho_F M_{TG}}\right)$ Tüm alınan yağ kütlesi, GNG yoluna mı giriyor?\\
Örnek: 500* (4.2*92) / (9.4*860) =  24 kcal/day\\
Bunun GNG için harcanan kaloriyle ne ilgisi var?\\
mol başına elde edilen kalori için:\\
glukoz / TG = 1 mol için glukozdan elde edilen kalorinin TG'ye oranı\\
FI: günlük alınan yağ kalorisi\\
FI * glukoz / TG = günlük yağ kalorisinin, ???\\
\subsubsection{1. Hem dahili, hem harici TG'nin lipolizi glycerol üretimiyle sonuçlanır (7) @Anlamadım}
\subsubsection{2. Bütün glycerol GNG için kullanılır varsayımı (60) @Anlamadım}
\subsubsection{3. Lipoliz sırasında açığa çıkan tüm glycerol oksitlenir}
@Anlamadım Lipoliz sırasında açığa çıkan tüm glycerol oksitlenir. Oksitlenmeden kasıt, enerjiye dönüştürülmesi için yakılması mı? Niye böyle bir şart koşuyor? Diğer glukoz kütlesinden farklı bir işleme mi tabi oluyor, gliserolden üretilmiş glukoz?\\
Şöyle diyor makalede: Adipoz dokuda, gliserolden TG sentezi yapmayı sağlayacak enzimler (glycerol kinase) bulunmuyor. \\
Gliserolün ufak bir kısmı, adipoz olmayan dokularda depolanıyor. Fakat çok küçük bir yuvarlama hatası oluşuyor burada, çünkü toplam gliserol GNG enerji maliyeti: 25 kcal/day.\\
\section{Eleştiriler}
\subsection{Adaptive Thermogenesis}
Adaptive thermogenesis, ağırlık değişimine karşı koyan bir metabolik hız adaptasyonudur.\\
Hall, bunu 485.jpg ile ifade etmiş. Burada thermogenesis parametresi, temel besin alımından farka orantılanmış. Besin alımı arttıkça, T artıyor.\\
Daha sonra bu T parametresi sadece PAE'de, yani fiziksel aktivitede kullanılıyor. T ne kadar çoksa fiziksel aktivitede harcanan enerji o kadar çok oluyor. 487.jpg \\
Fakat makalede, T'nin sadece fiziksel aktiviteyi değil, RMR'yi de (resting metabolic rate) etkilediği yazıyor. Bu etki RMR'ın formülünde yok.\\
düzeltme: T-> gamma -> BCM -> RMR\\
\section{Araştırma Yaklaşımları}
\subsection{Stok mu, yardımcı değişken mi?}
Bütün yardımcı değişkenlerin üzerinden geçip, bu stok olabilir mi diye düşünmeli.\\
\subsubsection{Karar kriterleri:}
Bu değişkenin değişmesi anlık mı, yoksa aşamalı mı? Atalet var mı?\\
@Araştırma: Bir değişkenin stok olması hangi kriterlere bağlıdır?
\end{document}
